Uno de los aspectos más controvertidos de la terapia con acupuntura es si el puncionar los acupuntos específicos produce un efecto terapéutico superior a el puncionar cualquier punto sobre la piel (esto es, un punto que no se reconozca como acupunto). La anatomía e histología de los acupuntos se han estudiado en forma extensa. Se encuentran en las proximidades de los nervios periféricos y sus bifurcaciones, en las conexiones neuromusculares, en vasos sanguíneos, en ligamentos y fascias tendinomusculares y en las líneas de sutura de los huesos del cráneo. En los acupuntos de la cara y la frente se encontró que los puntos de acupuntura están situados sobre ramas terminales o cutáneas del nervio trigémino y entre las ramas musculares del nervio facial.

En una investigación reciente, Langevin y colaboradores encontraron un 80% de correspondencia entre los acupuntos y la localización de planos de tejido conectivo intra o intermusculares en secciones de tejido postmortem. También encontraron que al puncionar un acupunto la aguja atraviesa diferentes estructuras tisulares en comparación con los no-acupuntos. Histológicamente, al puncionar un acupunto se penetra primero la dermis y el tejido subcutáneo, y después fascias profundas o tejido conectivo intersticial. Por otro lado, al puncionar un no-acupunto la aguja penetra la dermis, el tejido conectivo y después encuentra hueso o músculo, con menores probabilidades de atravesar o insertarse en la capa de fascia profunda. El pasar a través del tejido conectivo de las fascias profundas puede proveer un efecto en los tejidos que se conoce como “enredarse alrededor de la aguja”. No se sabe con exactitud como afecta este fenómeno al tratamiento acupuntural. Sin embargo, los acupuntores con experiencia a menudo encuentran que el rotar manualmente la aguja genera una resistencia tisular local alrededor de la aguja, la cual puede sentirse con facilidad. Los investigadores han encontrado que esta resistencia se debe, al menos parcialmente, a la tracción que ejerce la aguja sobre los tejidos circundantes. Este fenómeno de “enredamiento” es visible a través de ultrasonido y se traduce como la ‘fuerza de agarre” que impide que la aguja sea retirada. Se presenta mayor fuerza de tracción o resistencia en el tejido subcutáneo y la fascia de los acupuntos que en el tejido subcutáneo solo de los no-acupuntos. Este fenómeno de enredamiento entre la aguja y el tejido conectivo puede llevar al desarrollo de señales sensoriales a través de mecanotransducción. Se postula que las señales sensoriales provenientes de la estimulación de los acupuntos pueden inducir efectos que incluyen expresión de algunos genes, la síntesis de proteínas, modificaciones de la matriz extracelular y otros cambios bio-fisiológicos.  Los cambios en la matriz extracelular que rodea a la aguja pueden a su vez influenciar a las otras estructuras que comparten dicha matriz, como son nervios sensitivos aferentes, fibroblastos, células vasculares y células inmunológicas. Por lo tanto, el puncionar un acupunto (en comparación con un no-acupunto) tendrá una mayor probabilidad de crear señales mecánicas y sus consecuentes efectos bio-fisiológicos.

También se han realizado estudios para determinar las diferencias en las propiedades físicas de los acupuntos y los no-acupuntos, y se ha encontrado que los acupuntos tienen una temperatura cutánea significativamente mayor y muestran una menor resistencia eléctrica en comparación con los no-acupuntos. En estudios posteriores se determinó que el diámetro de estos puntos de baja resistencia eléctrica en la piel es de 1 a 2 mm y que su distribución es semejante a la de los acupuntos clásicos. También se ha reportado una mayor conductancia en la piel de los acupuntos, sin embargo, todavía se desconoce que es lo que contribuye a estas diferencias en las propiedades eléctricas de la piel de acupuntos y no-acupuntos.